为什么编译的gromacs多GPU加速效果不好？GROMACS软件用于模拟DNA结构，计算rmsf时用P原子代替文献中的残基...GROMACS你需要知道哪些原子及其组合在运行时对势能函数有贡献(见第四章)。另外，3，编辑，主目录中的bash_profile文件，向其中添加以下行:export path/usr/local/gro Macs/I 686 pclinuxgnu/bin:$ path。保存并退出后，运行source.bash_pro路径就会生效。
1，安装fftw 2 . 1 . 3 . tar . gz ./configureablefloatmakeinstall 2，安装gromacs 3 . 2 . 1 . tar . gz ./configuremakemakenuninstall默认情况下，程序安装在/usr/local/gromacs/目录下。3.编辑。bash_profile文件，并添加下面一行:export path/usr/local/gro Macs/I 686 pclinuxgnu/bin:$ path。保存并退出后，运行source.bash_pro路径就会生效。
gromacs在2、如何在MacBook上安装gromacs
MacBook上的安装过程:(1)解压fftw，lammpi，Gromacs源码tarzxvffftw 3 . 1 . 2 . tar . gztar–zxvfgromacs 3 . 3 . 1 . tar . gztarzxvflame 7.1.3.tar.gz(2)编译LAMMPICDLAM 7.1.3 ./configureprefix/home/ Lam 7.1.3不带withoutfcwithrshshxmakemakeinstall注意:不带fc，mpif77不编译。可以删除(3)添加mpi环境变量export path $ path:/home/lam 7 . 1 . 3/bin(追加到。bashrc) (4)编译fftw单双精度版CD FFTW 3.1.2。/ConfigureEnableFloatenablePlumprefix/home/fftw 3 . 1 . 2 makemakeinstallmakedistclean ./configuredisablefloatenablepiprefix/home/fftw 3 .。
3、为什么编译出的gromacs多GPU加速效果不好4、使用 GROMACS软件模拟DNA结构,计算rmsf时文献中都用P原子代替残基的行为...
GROMACS运行时需要知道哪些原子及其组合对势能函数有贡献(见第四章)。此外，它还需要知道不同功能的必要参数，所有这些都由拓扑文件*描述。top，它列出了每个原子的固定属性，原子的种类比元素的种类多得多。但是，力场只是参数化了生物体系中存在的原子类型，加上一些金属、离子和硅，结合相互作用和一些特殊的相互作用由拓扑文件中的固定配对决定。
